Fue en el 2001 cuando, siendo obispo de Osma-Soria, asumió el cargo de director nacional de las Obras Misionales Pontificias en España por un quinquenio. En 2006 volvía a ser designado por la Santa Sede por un nuevo quinquenio. Desde esta responsabilidad y como presidente de la Comisión Episcopal de Misiones y Cooperación con las Iglesias, ha impulsado la animación misionera en España. Todos han apreciado su cercanía y cariño hacia la misión y los misioneros.

En los últimos 15 años, los que lleva como arzobispo al frente de la Iglesia navarra, no ha faltado a la cita con San Francisco Javier cada 3 de diciembre. En esta ocasión, recibirá el homenaje de quienes le han considerado un maestro desde la sencillez y un misionero desde las responsabilidades que la Iglesia le ha pedido que asuma.